Pablo Sau
Mayo 2005
Este documento trata de ofrecer información de cómo sacar el máximo provecho del software contenido en cdmedic-6.2.iso, sirviendo de introducción al software libre de Imagen Médica con Linux.
Este software es apropiado para los Radiólogos, Médicos Nucleares, Radio-terapeutas, Neurólogos, Neurocirujanos y otras ramas relacionadas con la Imagen Médica como Físicos e Informáticos.
Este documento usa las siguientes convenciones:
| Descripciones | Apariencia |
|---|---|
| Avisos |  Aviso |
| Propina |  Propina |
| Notas |  Nota |
| Información que requiere ateción especial |  Precaución |
| Nombres de ficheros | fichero.extension |
| Nombres de Directorio | directorio |
| Órdenes a teclear | comando |
| Nombres de Aplicaciones | aplicación |
| Bash shell como usuario normal | bash$ |
| Bash shell como superusuario(root) | bash# |
| Menús | MENU->SUBMENU->SUBSUBMENU |
| Variables de entorno | VARIABLE |
| Teclas apretadas | ENTER, CTRL, ALT,SHIFT,F2.. |
Los comentarios de esta Guía pueden diriguirse al autor PabloSau@cdmedic.com, todas las sugerencias son bienvenidas.
Gracias a todo el mundo que ha contribuido al desarrollo del software libre y han compartido su esfuerzo y experiencia con todo el mundo.
En menos de 5 minutos puede tener CDMEDIC funcionando desde luego descontando el tiempo de descarga de Internet.
No es necesario ser un guru en LINUX o DICOM, esta guí está diriguida a usuarios normales de PC y sirve como introducción al Linux, al DICOM y al Software Médico.
PC Intel-compatible CPU (i486 o mejor) con al menos 96 MB of RAM (se recomienda 128MB o más de RAM) con CD-ROM arrancable, o floppy y estandard CD-ROM (IDE/ATAPI o SCSI), estandard tarjeta gráfica SVGA-compatible y ratón de serie, PS/2 or IMPS/2-compatible USB.
Diescargar la imagen cdmedic-6.2.iso de http://cdmedicpacsweb.sourceforge.net (md5sum: b4981f20f312964df2ed09f0212f9038) grabar un CD ROM con su programa favorito.
Pregunte a su administrador de red local por una IP libre, máscara de red y pasarela y por los AEs, puertos e IPs de las modalidades DICOM a conectar.
Para correr el software desde el CDROM hay que configurar la BIOS usualmente apretando la tecla de Borrar al arranque del ordenador, (F2 en portátiles),si no funciona acudir al manual del ordenador. Si no fuera posible arrancar desde el CD ROM hay que crear un Floppy de arranque con la imagen boot.image del directorio KNOPPIX del CDROM, en Linux usar dd if=/cdrom/KNOPPIX/boot.img of=/dev/fd0 y desde Windows usando el rpograma rawrite incluído en ese directorio.
Una vez arrancado el PC con el CDROM CDEMDIC, obtendrá el boot: , simplemente apretar la tecla ENTER , y esperar un par de minutos hasta tener el gestor de ventanas KDE3 funcionando, durante este tiempo pude mirar los mensajes de autodetección del hardware.
Para que arranque el ordenador con el
Español como lenguage escribir en el boot: knoppix lang=es
E
Si después de los mensajes de
arranque la pantalla se queda negra, el problema puede radicar el la
fracuencia de refresco soportada por le monitor, así rearrancar
apretando el botó RESET
del PC o apretar simultáneamente las teclas CNTRL+ ALT+
SUPR,después escribir en el boot:
knoppix xvrefresh=60 ENTER
.Si el monitor soporta más de 60Hz de frecuencia de refresco boot:
knoppix xserver=fbdev ENTER
Si dispone de ratón con ruedecita
escribir para activarlo boot: knoppix wheelmouse
ENTER, más opciones F2 cuando aparece el boot:.
Una vez funcionando el gestor de ventanas KDE3 window manager querrá configurar la red para acceder a Internet y a las modalidades DICOM a conectar. Si su red tiene un servidor DHCP la configuración de red se hará automáticamente. Si no es así debe de configurar la red haciendo "click" en el icono CONF o vía Menú K -> KNOPPIX->Network/Internet->Network card configuration y escribir los parámetros de red solicitados.
Normalmente una red local tiene una IP como
192.168.1.20
, NETMASK como 255.255.255.0, BROADCAST ADDRESS como 192.168.1.255,
GATEWAY como 192.168.1.1, y NAMESERVER 195.235.113.3 195.235.96.90
Intente navigar por Internet haciendo "click" en el icono Mozilla o abra un terminal haciendo click sobre el icono del monitor con una concha de la barra de tareas o Menú K->KNOPPIX->Root Shell , y escribir en el bash# ping WWW.google.com u otra direcci'on conocida de Internet u otra IP local.
Si la red se autoconfiguró y pude
hacer ping a la red local pero nó a Internet, probablemente se
un tema de la configuración de la pasarela, así
reconfigure manualmente con los datos correctos.
Ahora usted puede guardar la configuración y así evitar tener que reconfigurar cada vez que rearranca el PC. Menu K->Configure-> Save KNOPPIX configuration, pude elegir que configuración guradar y dóde, en un floppy o en una partición, en este último caso un fichero es creado en dicha partción sin modificar el resto de ésta.
Para recuperar la configuración al
rearrancar
debe de escribir en el boot: knoppix myconfig=scan
Hacer "click" en el icono CONF o Menú K->DICOM->PACS Conf , escribir el AE Title (el nombre DICOM de su PC), escribir AE Title de la modalidad a conetar y su IP y puerto (104 frequentemente usado), y también la modalidad a conectar también debe configurarse con el AE e IP del PC (el puerto del PC es el 10004) para conseguir la conectividad DICOM.
Una vez configure la connectividad DICOM
perderá el acceso a los estudios de muestra DICOM que resultan
visibles hciendo click en el icono PACS, escribiendo * en el campo del
Nombre del Paciente y lugo haciendo click en el botón de
búsqueda.
Hacer click una vez más en el icon PACS o Menú K->DICOM->PACS Conf, se abrirá el navegador Mozilla con la página de Nodos DICOM configurados, click Status y tiene que obtener "0% packet loss" and "Successful operation" from DICOM_echo, entonces ya está listo para recibir estudios DICOM.
Suponiendo haya guardado studios DICOM, los haya procesado o creado documentos nuevos, ahora ya puede guardar su trabajo rn un fichero oculto e incluso encriptado en su partición windows. Si dispone de de una partción libre pude usarla en su totalidad para este menester.
Menú K->KNOPPIX->Make KNOPPIX Persistent Home y siga las instrucciones.
Para recuperar su directorio de trabajo al
rearancar escribirboot: knoppix home=scan
Ahora dispone de la posibilidad de instalar el software en el disco duro, Menú K->KNOPPIX->KNOPPIX Hard Disk Installation y lea cuidadosamente las instrucciones, siendo conveniente tener experiencia previa en instalció del Linux.
Introducción sin pretender ser exhaustiva del software contenido en la imagen cdmedic-6.2.iso, dando alguna directrices para comenzar. Alguos programas tienen un icono para acceder a su documentación y la de todos se encuentra en el directorio /usr/share/doc/nombre_del_programa.
Digital Imaging and Communication in Medicine es el estandar de facto del formato de Imagen Médica y del manejo de comunicaciones e interoperabilidad entre distintas modalidades.
El CentralTest Node del Instituto de Radiología Mallinckrodt, es la "premiere" en software DICOM, se diseñó para ser usada cada año en la RSNA, para hacer demostraciones cooperativas con los fabricantes de equipos con la inteción de proporcionar una implementación centralizada que facilite la participación de los vendedores de equipos m&eaucte;dicos, basada en la evolución del estandard.
Dirección del CTN http://wuerlim.wustl.edu/DICOM/ctn.html
Puede hacer una configuración fina
del CTN usando Menú K->DICOM->CTN->CTN Conf
Si desea borrar estudios del
PACS puede usar Menú K->DICOM->CTN-> IDB Viewer
También pude auto enviarse estudios
del PACS a un directoreio e incluso renombrar los subdirectorios y
ficheros DICOM abriendo un terminal y ejecutando
bash# simple_storage -v -n naming 4006 ENTER
naming es un fichero de texto simple con el
siguiente
formato, puede obtener los número de grupo y elemento ejecutando
bash# dcm_print_dictionary
pudiendo usar tantas directrices D y F como desee.
| /AE Title/Directory/File | Group Tag | Element Tag | #Comentario (No incluir esta línea!) |
|---|---|---|---|
| A | #AE Title | ||
| D | 0010 | 0010 | #Patient Name |
| F | 0008 | 0018 | #SOP Instance UID |
El OFFIS dcm toolkit, Central test Node Europeo de la Universidad de Oldenburg, es una colección de librerias y aplicaiones que implementan gran parte del estandar DICOM. Inclusye software para examinar, construir y convertir ficheros DICOM, manejo de Media fuera de liínea, envio y recepción de imagenes por la red y demostarción de almacén y listas de trabajo.
Dirección del OFFIS DCMTK http://dicom.offis.de/dcmtk.php.en
Software del autor,contituyendo un completo y gratuito PACS basado en ctn, dcmtk y msql, con admistracio'n remota via apache mod perl y capacidad de procesado de ima'genes usando ImageMagick, conversor de DICOM a pgm de Grevera y AFNI, disponible en paquete Debian para i386. Ahora con autoconvertidor de las series DICOM recibidas en el puerto 4006 a formato Analyze usado por AMIDE y FSL y a formato AFNI.
La Dirección del CDMEDIC PACS
WEB http://cdmedicpacsweb.sourceforge.net
Programa de manipulación de Imánes, para retoque fotográfico, composición y creación de Imánes.
Dirección del Gimp http://www.gimp.org
Es una robusta colección de herramientas y librerias para leer, escribir y manipular imágenes en 88 formatos distintos, incluyendo TIFF,JPEG, PNG, PDF, Photo-CD, and GIF. Se pueden crear imágenes dinámicamnete haciéndolo apropiado para aplicaiones web. Las operaciones de procesado están disponibles desde la línea de órdenes y también desde C, C++, Perl y Java.
Dirección de ImageMagick http://www.imagemagick.org/
Convertir entre diferentes formatos es tan
fácil como:
bash$ convert file.gif file.bmp
Para crear un gif animado de varios ficheros jpg:
bash$ convert file_1.jpg
file_2.jpg ... file_n.jpg video.gif
Ver todas las opciones con
bash$ man convert
XMedcon es una herramienta para convertir entre diferentes formatos de imagen médica,como as DICOM, AcrNema, Analyze, InterFile, Ecat, PNG, GIF89, Concorde, INW, y datos crudos en Binary y ASCII .
Dirección de XMedcon http://xmedcon.sourceforge.net/
Usted puede crear ficheros DICOM files,
y como en el siguiente ejemplo puede convertir de Analyze a DICOM ;
XMedcon Menu File->Open->amide->brain.hdr
Xmedcon Menu File->Save as->DICOM mr000-brain.dcm (puede usar el fichero convertido para probar el SLICER)
AFNI es un conjunto de programas escritos en C para procesar, analizar y visualizar Resonancia Funcional, técnica para hacer mapas de la actividad cerebral.
Dirección de AFNI http://afni.nimh.nih.gov/afni/
Haciendo click en el icono AFNI, se
lanzará
el programa AFNI con estudios de muestra de RM, PET, seleccionando uno
de ellos con el botón Switch Anatomy,
puede ver el estudio registrado al Atlas de Talairach, TalairachView , y si quiere verlo coloreado el Atlas debe de pulsar el botón See TT Sub menu Altlas Regions en el submenú the Define Function,
entonces haciendo click en la imagen con el botón derecho seleccionar -Talairach par ir a cualquier estructura cerebral o Arda de Brodman o use -Atlas colors para colorearlas.
Para ver la representación
volumétrica de
los datos ir al Menú Define Datamode->Plugins->Render
[new]/dataset->Choose Underlay
Dataset, ayuda en el botón Help.
para convertir ficheros DICOM al formato
AFNI,
si dispone de 128 cortes de un cerebro 3D en el directorio /x/y ,
ejecute
bash$cd /x/y && to3d *
FSL es una librería completa de análisis estructural y funcional del cerebro. La mayoría de las herramientas puden usarse desde la lía de órdenes o desde una interface gráfica.
Dirección del FSL http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/
para trabajar con FSL necesitará que
los
estudios estén en formato Analyze, pudiéndolo crear con
XMedcon, o también es posible convertir de AFNI a Analyze
bash$ 3dAFNItoANALYZE analyze.hdr afni_name
puede segmentar un cerebro de un estudio 3D
de RM
con FSL->Brain Extraction (También pude usar el AFNI
3dIntracranial)
y después pude filtrarlo incrementando la señal/ruido
sin introducir borrosidad en la imagen con
FSL->SUSAN Noise Reduction (Proceso lento!), y segmentar LCR,
substancia blanca y gris con FSL->FAST segmentation e incluso medir
la atrofia cerebral usando SIENA, ver FSL->HELP para más
información.
Amide es una completa herramienta para ver, analizar y registrar datos volumétricos Médicos.
Dirección de Amide http://amide.sourceforge.net/
Puede ver estudios de muestra de RM y PET
(Están registrados al Talairach Atlas) abriendo el Menú
Amide File->Import
File (guess)->amide->brain.hdr, repetirlo con mr.hdr and pet.hdr.
3D Slicer, herramienta para visualización, registro , segmentación y cuantificación de datos médicos.
Dirección de Slicerhttp://www.slicer.org/
Para empezar a probar el Slicer, Menu Add
Volume->Properties->Dicom->Select DICOM Volume-> Change to:
/home/knoppix->
mr000-brain.dcm->OK,
para más información, ver Documentación del Slicer haciendo click en el icono Doc 3D Slicer.
El navegador Mozilla Firefox es pequeño, rápido y fácil de usar y ofrece muchas ventajas tales como la apertura simultánea de varis páginas en distintas pestañas y el bloqueo ventanas emergentes.
Dirección del Mozilla Firefox http://www.mozilla.org/projects/firefox/
Evolution no es solo un cliente de correo robusto y fácil de usar, similar al Outlook Express, tambien le permite organizar sus citas, y acontactos y sincronizarlas con su PDA, y con ventajas como es el filtrado de correo no deseado.
Manual del Usuario de Evolution http://www.novell.com/documentation/ximian.html
Apache es el servidor web mas popular de Internet siendo el más usado desde Abril del 1996. El 62% de los servidores web de Internet lo usan, lo lo hace mas usado que el conjunto del resto de los servidores.
Dirección de Apache http://www.apache.org/"
Si copias sus propias páginas web al
directorio /var/www estarán disponibles para el resto de
la red local en la dirección http://su_IP/su_documento.html
OpenSSH es una versión libre del protocolo SSH, conjunto de herramientas de conectividad de red que encriptan todo el tráfico (incluyendo las claves) para evitar cualquier espionaje de la conexión o cualquier "hackeo".
Dirección del Open ssh http://www.openssh.com/
Puede hacer un login remoto a su PC desde
otra máquina Windows usando en esta última el programa
gratuito Putty.
http://www.chiark.greenend.org.uk/sgtatham/putty/ én hacer copias seguras con scp.
GNU wget es un paquete de software libre para traer páginas usando HTTP,HTTPS and FTP, que son los protocolos más frecuentemente usados en Internet. Se usa el la líea de órdenes de manera no interactiva lo que le hace adecuado para sus uso en tareas programadas.
http://www.gnu.org/software/wget/wget.html
Como un pequeño ejemplo para crear
una copia local("mirror", espejo) de un sitio web usar
$ wget -m http://web
OpenOffice.org es un proyecto de la versión libre del
StarOffice[tm]
Productivity Suite, de Sun Microsystems, con compatibilidad con MS
Office,
así usted puede leer y escribir documentos Win9x, W2000, XP
deWord, Execl y Power Point pero también StarWritter, RTF y
html. Ahora con autocorreción de teminología
médica nombres propios
incluidos.
Dirección de Open Office http://www.openoffice.org/